Эволюционная патология. К вопросу о месте ВИЧ-инфекции и ВИЧ/СПИД-пандемии среди других инфекционных, эпидемических и пандемических процессов
1. Паразиты и симбионты генома человека
1.1. Проретроэлементы и проретровирусы
Проретроэлементы. Интроны и экзоны. Проретровирусы. Ретровирусная эволюция
1.2. Ретроэлементы генома современного вида Homo sapiens
Классификация транспозируемых ретроэлементов. Не-LTR-ретроэлементы. LTR-ретроэлементы. Эволюционная роль HERV-K. Эволюционная роль L1-ретроэлементов. Эволюционная роль Alu-элементов. Эволюционная роль ретропсевдогенов. Прекращение инвазии транспозируемых элементов.
1.3. Ретровирусное окружение вида Homo sapiens
Структура и цикл жизни ретровирусов. Онкогенные ретровирусы (Oncovirinae). Лентивирусы (Lentivirinae, «медленные вирусы»). «Пенящиеся вирусы» (Spumavirinae). Инфицированность лентивирусами диких животных. Непатогенная инфекция. Реинтеграция и реинфекция ретровирусов. Коинфекция.
2. Внутриклеточные паразиты и симбионты многоклеточных организмов
2.1. Первичный резервуар патогенных для человека микроорганизмов
Предыстория проблемы. Простейшие и их паразиты. Границы феномена сапронозного существования патогенных для людей микроорганизмов. Предадаптация к макрофагам. Исторические свидетельства
2.2. Простейшие — симбионты многоклеточных
«Чужие здесь не ходят». Возбудитель сибирской язвы. Возбудители бруцеллеза. Возбудитель туляремии. Возбудитель чумы. Вирус натуральной оспы (ВНО). Микобактерии. Ретровирусы
2.3. Архейские предки иммунной системы человека
Локус генов Rag1/2. Суперсемейство иммуноглобулинов (Ig-SF). Реликтовая иммунная система человека. «Сборка» многоклеточных организмов. Третий акт творения — «кембрийский взрыв». Торможение эволюции. Гуморальная и клеточная иммунные системы. Белки AID/APOBEC. TRIM5альфа
3.1. Циклические инфекционные (моно)процессы
Генерализация поксвирусной инфекции. Антигенная детерминанта ВНО. Иммунные ответы на ВНО. Трансмиссионный потенциал ВНО. Продолжительность противооспенного иммунитета
3.2. Нециклические инфекционные процессы
Генерализация ВИЧ. Трансмиссионный потенциал ВИЧ. Нарушения иммунной системы при ВИЧ-инфекции. Антигенные детерминанты ВИЧ. Антитела с широким нейтрализующим действием. Антигенные свойства V3-домена gp120 ВИЧ. Первичный антигенный грех (original antigenic sin, OAS). Комплемент. Феномен антителозависимого усиления инфекции (antibody-dependent enhancement, ADE; immune enhancement of disease) при ВИЧ-инфекции. Инфекционно-эволюционные качели. Эволюционный смысл ВИЧ-инфекции
3.3. Многокомпонентные нециклические инфекционные процессы
Надклеточный уровень. Клеточный уровень. Уровень генома.
4. Эпидемические и пандемические процессы
4.1.1. Терминология
К определению терминов «природный очаг» и «природный резервуар» возбудителей инфекционных болезней. Типы первичных природных резервуаров. Первичный природный очаг возбудителя инфекционной болезни. Вторичный природный очаг возбудителя инфекционной болезни. Общие свойства вторичных природных резервуаров возбудителей опасных инфекционных болезней
4.1.2. Циклические пандемические и эпидемические монопроцессы
Пандемии чумы. Пандемии холеры. Пандемии гриппа. Стадии эпидемических монопроцессов циклического типа. Незавершающиеся циклические эпидемические монопроцессы
4.2.1. Терминология
Трудности терминологии для пандемических и эпидемических процессов нециклического типа. Терминология привычного для человека масштаба времени.
4.2.2. Нециклические пандемические и эпидемические процессы
Типовые периоды нециклического эпидемического (пандемического) процесса. Почему невозможно использовать вакцинацию в борьбе с ВИЧ/СПИД-пандемией
4.2.3. Глобальные пандемические циклы
Морфологическая структура эпидемических очагов нециклического типа. «Молчащие педиатрические инфекции». CCR 5-рецептор. «Змеиный клубок» . Эволюционные процессы в ВИЧ-инфицированных популяциях людей. Возвращение оспы . Глобальный многовековой цикл циклических и нециклических инфекций.
4.3. «Болезни эндогенной ретровирусной активности»
Инфицирование ретроэлементами генома таксона. Эпидемиология не-LTR-ретроэлементов ( LINE-1, Alu -элементы, SVA -элементы). Эпидемиология LTR-ретроэлементов. Суперантигенные свойства HERV и многокомпонентные нециклические инфекционные процессы.
ЗАКЛЮЧЕНИЕ