Глава «Почему микроорганизмы вызывают эпидемии?» открывает второй раздел монографии М.В. Супотницкого. Автор акцентирует внимание на парадоксальной внезапности начала масштабных эпидемических процессов, которые нередко разворачиваются на фоне социального благополучия или сразу после триумфальных побед медицины над другими инфекциями. В качестве ярких исторических параллелей приводятся Великая чума в Лондоне 1665 года и появление пандемии ВИЧ/СПИДа в начале 1980-х годов, ставшее неожиданностью для мира, только что ликвидировавшего натуральную оспу. В этой части работы ставится задача исследовать фундаментальные вопросы эпидемиологии: где именно сохраняются патогены в межэпидемические периоды, какими путями они проникают в человеческое общество и что представляет собой «чувствительная популяция» с точки зрения биологии и экологии. Текст служит теоретическим введением к последующему детальному изучению природных резервуаров и факторов, способствующих переходу инфекций из скрытого состояния в активную фазу пандемического распространения.